Za zasadniczą inspiracje neokantyzmu można uznać prace Ottona Liebmanna zatytułowaną Kant und die Epigonen (1865). Wnioskiem kończącym każdy rozdział tego dzieła było hasło: "Z powrotem do Kanta!" (ZurĂźck zu Kant!). Przygotowawczą rolę przy powstaniu neokantyzmu odegrały również rozprawy Hermana Helmholza - Ăber das Sehen des Menschen (1855) i Edwarda Zellera - Ăber Bedeutung und Aufgabe der Erkenntnistheorie (1862).
Dzieje neokantyzmu można podzielić na trzy okresy:
Wczesny neokantyzm
Pierwszy okres neokantyzmu oznacza próby zastosowania odkrytych przez fizjologię (np. przez Hermana Helmholza czy Gustawa T. Fechnera) faktów do zbudowania idealistyczno-subiektywnej i agnostycznejteorii poznania (neokantyzm fizjologiczny). Filozofia Kanta dawała przy tym ogólne ramy pojęciowe. Kant został "oczyszczony" z materialistycznych skłonności i zawężony do "krytycznej" teorii poznania przez sprowadzenie go do poziomu filozofii Dawida Hume'a i Grzegorza Berkeley'a. Kantowska "Rzecz w sobie" została jako materialistyczny moment jego filozofii - w odróżnieniu od klasycznej filozofii niemieckiej - przez Langego jako "pojęcie graniczne", a przez Liebmanna jako "nierozwiązana zagadka" zanegowana i wyeliminowana. Filozofia praktyczna Kanta została zepchnięta na bok, natomiast uwypuklono subjektywistyczne elementy jego filozofii, zaś doświadczenie przedstawiono jako "dar rozumu" ("Geschenk des Verstandes").
Okres średni neokantyzmu
Drugi okres neokantyzmu (Herman Cohen, Paweł Natorp, Wilhelm Windelband, Alojzy Riehl) przypada mniej więcej od lat 70-tych do 80-tych XIX wieku. W tym czasie w ramach neokantyzmu wyodrębniają się dwie znaczące szkoły: marburska i badeńska. Podstawą neokantyzmu stała się dokonana przez Langego i Liebmanna recepcja Kanta. Działania te zostały wsparte przez wtedy powstałą filologię kantowską. W odróżnieniu od pierwszego okresu próbowano czytać już nie tylko pojedyncze fragmenty Krytyki czystego rozumu, lecz traktowano naukę Kanta jako całość i posługiwano się nią do rozbudowy subiektywno-idealistycznej i agnostycznej filozofii z użyciem obiektywno-idealistycznych motywów. Próbowano również zastosować etykę Kanta do zrozumienia stosunków socjalno-politycznych tamtych czasów (Natorp).
Obok szkoły marburskiej i szkoły badeńskiej wykształcił się w obrębie neokantyzmu jeszcze jeden nie mniej wpływowy nurt - tak zwany (neo-)krytycyzm: Alojzy Riehl, Fryderyk Paulsen, Oswald KĂźlpe, Henryk Maier.
Bezpośredni wpływ neokantyzmu na filozofię w Niemczech okresu republiki weimarskiej miał raczej charakter negatywny. Jednak najbardziej wpływowi filozofowie w Niemczech tego czasu zostali ukształtowani przedtem jeszcze przez neokantyzm (Edmund Husserl, Marcin Heidegger, Ryszard Kroner, Mikołaj Hartmann).
Obecnie neokantyzm jako kierunek historyczny nie odgrywa żadnej roli, jednak subiektywno-idealistyczne i agnostyczne składniki jego nauki przejawiające się w rozmaitej formie w różnych nurtach filozoficznych oddziaływują jeszcze do dziś.