Agencje Unii Europejskiej to specjalne zdecentralizowane organy Unii Europejskiej zajmujące się określoną niewielką wydzieloną dziedziną polityki UE. Najczęściej pełnią one funkcje informacyjne czy techniczne.
Agencje UE są autonomiczne (choć nie w pełni) wobec głównych organów Unii, posiadają osobowość prawną. Tym, co odróżnia je od podstawowych organów UE (instytucji) jest m.in. sposób powoływania. Do powstania agencji wystarczy akt prawa wtórnego (zwykle rozporządzenie), niekoniecznie muszą być zapisane w traktatach.